Tory wodne Zalewu Wiślanego są przedłużeniem bogatego systemu dróg śródlądowych wodnych dolnej Wisły, będących pozostałością po licznych ramionach jej delty. Składają się nań rzeki: Szkarpawa z Wisłą Królewiecką, Nogat i rzeka Elbląg.

Rzeka Szkarpawa bierze początek na 931,2 km szlaku żeglownego Wisły. Od koryta Wisły oddziela ją śluza komorowa Gdańska Głowa. Szkarpawa nie zasilana już wodami Wisły, o słabo wyczuwalnym prądzie, krętym korycie, z dużą ilością zieleni na brzegach i w nurcie, które stwarzają żeglarzom sporo kłopotów, jest pełna uroku. Rzeka jest obwałowana - wały na wielu odcinkach są dość daleko odsunięte od koryta. Długość szlaku do ujścia do zalewu wynosi 25,4 km a głębokość toru wodnego 2,5 m. Tor wodny na niektórych odcinkach jest oznakowany. Przeszkodami dla żeglarzy są mosty: pontonowy w Drewnicy, w Rybinie zwodzony most kolejowy (ostatnio cały czas otwarty z uwagi na nieczynną linię kolejową) oraz drogowy zwodzony - otwierany na żądanie. Do ważniejszych miejscowości położonych nad Szkarpawą należą: Drewnica i Żuławki, wsie położone po obu stronach drogi, w których zachowały się zabytki architektury (wiatrak koźlak z XVIII w., domy podcieniowe) oraz Rybina - wieś położona po obu stronach rzeki (w węźle hydrograficznym).

Wisła Królewiecka odgałęzia się od Szkarpawy na 15,3 km we wsi Rybina. Jest to odnoga o tym samym charakterze co Szkarpawa i prowadzi na zalew. Jej całkowita długości wynosi 11,5 km a głębokość 2 m. Rzeka jest mało uczęszczana przez żeglarzy. Obecnie najchętniej wykorzystywana na odcinku od zalewu do pierwszego mostu jako miejsce postoju dla jednostek pływających po Zalewie Wiślanym. Rzeka przepływa przez Sztutowo - miejscowość gminną o funkcji turystycznej. Znajduje się w niej miejsce martyrologii "Muzeum Stutthof" - związane z obozem koncentracyjnym, założonym przez Niemców, w którym zginęło ponad 60 tys. ludzi wielu narodowości.

Obie rzeki, niegdyś ważne szlaki transportowe, obecnie wykorzystywane w coraz mniejszym stopniu, ulegają stopniowej degradacji i zaniedbaniu. Przechodzące nad nimi mosty drogowe budowano jako ruchome, co umożliwiało przejście nawet większym jednostkom z postawionymi masztami. Obecnie możliwość taka, choć coraz bardziej iluzoryczna istnieje jeszcze na Szkarpawie. Mosty na Wiśle Królewieckiej zostały unieruchomione, przez co dostępna jest ona tylko dla małych jednostek (obecnie trwają prace nad uruchomieniem mostu w Sztutowie). Bujna roślinność może utrudniać (nieraz nawet bardzo) żeglugę oraz dojście i postój przy brzegu. Dość dobre warunki dla postoju z miejscem na biwak można znaleźć na przystaniach w Drewnicy, Rybinie i Sztutowie.

Rzeka Tuga wpływa do Szkarpawy 1,5 km poniżej mostu w Rybinie, w górnym biegu nazywana jest rzeką Świętą. Niegdyś był to szlak żeglowny od Nowego Stawu, obecnie dostępny tylko dla małych łodzi i kajaków. Rzeka obwałowana. Niepowtarzalnego uroku nadają jej: dość kręty bieg, bujna roślinność i zdziczałe starorzecza. Rzeka przepływa przez miasto Nowy Dwór Gdański, siedzibę władz powiatowych. Znajduje się tu wiele obiektów zabytkowych: most zwodzony na Tudze, domy podcieniowe, zagrody holenderskie, wieża ciśnień, kościoły. Zachowany jest układ urbanistyczny starego miasta otoczonego rzeką. Znajduje się tu Muzeum Żuławskie, w którym zebrane są historyczne dzieje pierwszego osadnictwa na Żuławach. W Nowym Dworze jest przystań dla małych jachtów.

Rzeka Nogat ma swój początek na km 886,6 szlaku żeglownego Wisły. Od koryta Wisły odcina go śluza komorowa Biała Góra. W dalszym biegu poziom wody w rzece regulują jeszcze trzy śluzy:
na km 14,5 śluza Szonowo, na km 23,9 śluza Rakowiec, na km 38,6 śluza Michałowo. Długość Nogatu do ujścia do Zalewu Wiślanego wynosi 62 km. Nogat na km 51,6 poprzez żeglowny Kanał Jagielloński wynoszący 5,8 - km łączy się z rzeką Elbląg. Nogat to typowy szlak śródlądowy, o głębokości 2 m między śluzami i 2,5 m poniżej śluzy Michałowo, przegrodzony stałymi mostami drogowymi, z dwoma promami linowymi (we wsiach Kępki i Kępiny Wielkie). Istotne niebezpieczeństwo stwarzają w kilku miejscach nisko nad wodą zawieszone linie energetyczne. Koryto Nogatu jest szerokie, w większości obudowane wysokimi wałami. Na ogół monotonne, ma też odcinki (w początkowym biegu oraz przy ujściu) bardzo malownicze, z bogatą roślinnością. Nad Nogatem leży 40-tysięczny Malbork, z bezsprzecznie największą atrakcją opisywanego regionu, zamkiem pokrzyżackim. Malbork posiada port towarowy oraz przystanie dla jednostek turystycznych i sportowych. Nabrzeże przy zamku może przyjmować statki pasażerskie. Tuż za śluzą w Białej Górze do Nogatu wpływa przepływająca przez Kwidzyn rzeka Liwa (Renawa).

Rzeka Elbląg, krótka lecz zasobna w wodę, swój początek bierze w jez. Druzno, rozległym, zarastającym zbiorniku, będącym pozostałością po sięgającym tu niegdyś zalewie. Jej 17,7 - kilometrowy bieg, kończy się w Zalewie Wiślanym. Cała rzeka zaliczana jest do wód morskich a przez 13 km jest częścią wód portowych portu Elbląg, na którym jest ona skanalizowana. Przez jez. Druzno prowadzi szlak żeglowny, stanowiący początek Kanału Elbląskiego prowadzającego na jeziora ostródzkie i cały system połączonych kanałami jezior Pojezierza Iławskiego. Dla pokonania ok. 100 m różnicy poziomów zbudowano tu pięć unikatowych pochylni. Samo jezioro Drużno wraz z otaczającymi je bagnistymi terenami, stanowi jeden z największych w Polsce rezerwatów przyrodniczych, przebogaty szczególnie w wiele gatunków ptactwa.

Rzeka Pasłęka - swój początek bierze na terenie gminy Gietrzwałd. Spośród rzek uchodzących po stronie polskiej do Zalewu Wiślanego - ujście Pasłęki jest wysunięte najdalej na pólnoc. Wykorzystanie rzeki jako drogi wodnej jest ograniczone z uwagi na objęcie jej części (na południe od Braniewa) ochroną prawną (rezerwat "Ostoja Bobrów na Rzece Pasłęce"). Co prawda co jakiś czas odbywają się na niej spływy kajakowe, lecz w takim przypadku niezbędne jest uzyskanie zgody konserwatora przyrody. W górnej części na odcinku od m. Braniewa do ujścia, rzeka przepływa przez tereny nizinne Żuław Braniewskich. Na tym odcinku jest ona obwałowana. Dawniej była to rzeka żeglowna do miasta Braniewa, w Braniewie znajdował się port pasażerski, towarowy i rybacki. Stąd odpływały statki z turystami na Mierzeję Wiślaną. Ograniczeniami na rzece Pasłęce dla żeglarzy są trwałe mosty o niewielkim prześwicie: w ulicy Gdańskiej w ciągu drogi krajowej i w ciągu drogi powiatowej Braniewo - Nowa Pasłęka.